Berawal dari gagasan cemerlang Prof. Dr. Ing. B.J.Habibie yang telah sukses mendirikan sekolah berkualitas unggul melalui BPPT (Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi) pada tahun 1996 dengan nama SMU Insan Cendekia di Serpong (Banten) dan di Gorontalo setahun setelahnya. Hal ini menginspirasi para stakeholders Kementerian Agama RI untuk melakukan kerjasama dengan Pemerintah Provinsi di seluruh Indonesia termasuk provinsi Kepulauan Riau serta Pemerintah Kota Batam untuk mendirikan sekolah/madrasah serupa. MAN Insan Cendekia Kota Batam pada akhirnya berhasil didirikan sebagai madrasah menengah atas berasrama (boarding) di bawah binaan Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI.

   Berlokasi di Jalan Hang Lekiu, RT. II/RW X Kel. Sambau Kecamatan Nongsa Kota Batam, Provinsi Kepulauan Riau, MAN Insan Cendekia Kota Batam menjadi salah satu madrasah tipologi akademik kategori madrasah unggul yang sering mengukir banyak prestasi membanggakan pada tingkat kota, provinsi, nasional dan internasional. Perjalanan panjang memuat kisah berdirinya MAN Insan Cendekia Kota Batam sehingga sampai saat ini, MAN Insan cendekia Kota Batam tetap menjadi pilihan terbaik bagi masyarakat Provinsi Kepulauan Riau dan umumnya bagi masyarakat Negara Kesatuan Republik Indonesia dan mancanegara. Berikut sejarah singkat berdirinya MAN Insan Cendekia Kota Batam dari masa ke masa:

Tahun 2004, Menteri Agama RI, Maftuh Basyuni, menggagas sebuah lembaga pendidikan Islam yang berbasis keunggulan di Provinsi Kepulauan Riau. Drs. H. Nyat Kadir Sebagai Wali Kota Batam saat itu diberi kesempatan untuk membangun sebuah madrasah “Magnet School”, dengan anggaran pinjaman lunak Islamic Development Bank (IDB), namun masih belum terwujud. Seiring perjalanan waktu, Menteri Agama RI, Maftuh Basyuni kembali menawarkan agar Batam sebagai salah satu Kota di dalam Provinsi Kepulauan Riau untuk membangun sebuah Madrasah Bertaraf Internasional (MBI), namun pembangunannya masih mengalami kendala.

Tahun 2008, Direktur Jenderal Pendidikan Islam, Prof. Muhammad Ali, melakukan penandatangan Nota Kesepahaman (MoU) dengan Walikota Batam, Drs. Ahmad Dahlan, MH untuk membangun MBI di atas lahan hibah Otorita Batam ke Pemko Batam, seluas 20 hektar. Namun pembangunan MBI masih belum terwujud.

Tahun 2013, Kota Batam Kembali berupaya mendaftarkan diri untuk mendapatkan proyek pembangunan madrasah yang saat itu bernama MAN Insan Cendekia dan didukung juga oleh Bapak Hardi Selamat Hood selaku Anggota DPD RI asal Kepri dan disetujui oleh Menteri Agama RI (Suryadharma Ali) dengan alokasi anggaran sebesar 12 Milyar rupiah. Namun demikian, lagi-lagi pembangunan MAN Insan Cendekia Kota Batam belum dapat direalisasikan karena terkendala teknis, sehingga dana tersebut dikembalikan ke negara.

Tahun 2014, Kemenag Kota Batam kembali mengusulkan pembangunan MAN Insan Cendekia Kota Batam yang selanjutnya mendapat restu dan tanggapan positif dari Menteri Agama RI H. Lukman Hakim Saifudin ditandai dengan peletakan batu pertama langsung oleh beliau pada tanggal 15 November 2014. Anggaran yang tersedia saat dialokasikan untuk pembangunan asrama, RKB, dan perataan lahan baru seluas 10 hektar.

Tahun 2015, Pemerintah Kota Batam melakukan pembebasan lahan seluas 10 hektar dengan surat hibah Pemko Batam ke Kementerian Agama RI. Berikutnya Kementerian Agama Kota Batam membangun satu unit asrama dengan 32 kamar dan satu unit gedung belajar dengan 12 RKB dari dana APBN. Sedangan Pemerintah Provinsi Kepri membangun sebagian pagar keliling area MAN Insan Cendekia Kota Batam dengan APBD Provinsi sebesar 1.3 milyar rupiah.

Tahun 2016, MAN Insan Cendekia Kota Batam mulai beroperasi dengan melakukan rekrutmen siswa baru secara nasional. Selanjutnya, dari tahun ke tahun MAN Insan Cendekia Kota Batam terus berupaya melengkapi sarana dan prasarana, diantaranya; 1) pembangunan masjid, jalan lingkungan, serta instalasi listrik yang kesemuanya berasal dari APBD Kota Batam (Tahun 2016), 2) pembangunan pintu gerbang, RKB dan Asrama Putra Tahap 1 yang bersumber dari anggaran Pemprov (Tahun 2017), 3) pembangunan Laboratorium Terpadu dan Perpustakaan, serta pembangunan Asrama Putra yang berasal dari anggaran SBSN (2018).

Banyak tokoh dan pejabat pemerintahan yang menjadi pelaku Sejarah berdirinya MAN Insan Cendekia Kota Batam, diantaranya; a) 3 orang Menteri (Muhammad Maftuh Basyuni, SH – Drs. Suryadharma Ali, M.Si – Drs. H. Lukman Hakim Saifudin), b) 2 orang Gubernur (Drs. H. Ismeth Abdullah – Drs. H. Muhammad Sani), c) 3 orang Kanwil (Drs. H. Razali Jaya – H. Andalin H. Umar – Drs. H. Marwin Jamal), d) 3 Walikota (Drs. H. Nyat Kadir – Drs. H. Ahmad Dahlan, M.H., Ph.D – H. Muhammad Rudi, SE.,MM) dan, e) 3 Kakankemenag (Drs.H. Abd. Razak.Z. MM – Drs.H. Khudri Syam – Drs.H. Zulkifli Aka, M.Si).